El MCP es una instancia intersectorial que gestiona, formula y define la pertinencia de propuestas de proyectos en VIH-Sida, tuberculosis y malaria, a ser presentados a organismos cooperantes y aliados estratégicos, y monitorea la implementación de los proyectos, a fin de fortalecer los programas estatales, tanto a nivel nacional, como regional y local, que apuntan a reducir las condiciones de vulnerabilidad y propiciar la salud y bienestar de las poblaciones más afectadas por estas tres enfermedades.